The Prophet (may Allah's peace and blessings be upon him) prohibited Muslims from urinating in stagnant water, which is not running, because doing that would cause it to be polluted with impurities and microbes that the urine might be carrying. This, in turn, will harm those who use such water. In addition to that, the one who urinates in stagnant water may use it himself in taking a ritual bath. So, it is not logical to urinate in the water that he will, later on, use in purifying himself. Moreover, the Prophet (may Allah's peace and blessings be upon him) prohibited the one in the state of major ritual impurity from taking a ritual bath in stagnant water, because that causes the water to be polluted with the filth and impurities of the ritual state.
تيسير العلام شرح عمدة الأحكام للبسام، حققه وعلق عليه وخرج أحاديثه وصنع فهارسه: محمد صبحي بن حسن حلاق، ط10، مكتبة الصحابة، الإمارات - مكتبة التابعين، القاهرة، 1426 هـ. تنبيه الأفهام شرح عمدة الأحكام لابن عثيمين، ط1، مكتبة الصحابة، الإمارات، 1426هـ. عمدة الأحكام من كلام خير الأنام صلى الله عليه وسلم لعبد الغني المقدسي، دراسة وتحقيق: محمود الأرناؤوط، مراجعة وتقديم: عبد القادر الأرناؤوط، ط2، دار الثقافة العربية، دمشق ، بيروت، مؤسسة قرطبة، 1408هـ. صحيح البخاري، تحقيق: محمد زهير بن ناصر الناصر، ط1، دار طوق النجاة (مصورة عن السلطانية بإضافة ترقيم: محمد فؤاد عبد الباقي)، 1422هـ. صحيح مسلم، تحقيق: محمد فؤاد عبد الباقي، دار إحياء التراث العربي، بيروت، 1423هـ.